1. ประโยชน์
    - พืชมีคุณค่าทางโภชนาการสูงขึ้น

   - ลดการใช้สารเคมีในการกำจัดแมลงศัตรูพืช ยาปราบวัชพืช ซึ่งจะช่วยให้
สภาพแวดล้อมให้มีมลพิษลดลง เกษตรกรเจ็บป่วยจากสารพิษน้อยลง

   - ให้ผลผลิตเพิ่มมากขึ้น แต่ใช้พื้นที่น้อยกว่า ช่วยลดการบุกรุกทำลายป่า

   - เก็บผลผลิตได้ยาวนานขึ้น ส่งไปขายไกลๆได้ นอกจากนี้อาจได้คุณค่าทางอาหารที่สูงขึ้น เช่น ข้าวที่มีเบตาแคโรทีนและธาตุเหล็กสูง หรือ น้ำมันที่มีไขมันไม่อิ่มตัวสูง ซึ่งช่วยลดคอเลสเตอรอล เป็นต้น

2. ความเสี่ยงและผลเสีย
     พืชดัดแปรพันธุกรรมและอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นสิ่งที่พัฒนาขึ้นใหม่ ยังไม่สามารถศึกษาความเสี่ยงหรือผลเสียในระยะยาวได้ นักวิจัยและหน่วยงานที่ควบคุมกำกับผลิตภัณฑ์เหล่านี้ จึงมีความตระหนักและกังวลต่อความปลอดภัยของผู้บริโภคและสิ่งแวดล้อม โดยคาดหมายถึงความเสี่ยงที่มีโอกาสเกิดขึ้น เช่น

   - ทำลายสิ่งแวดล้อม และ ส่งผลต่อระบบนิเวศน์และความหลากหลายทางชีวภาพ เช่นทำลายวัชพืชอื่น หรือได้รับการถ่ายทอดยีนต้านยากำจัดวัชพืช

   - การเกิดโรคภูมิแพ้จากโปรตีนชนิดใหม่ของพืชดัดแปรพันธุกรรมที่สร้างขึ้น

   - การเกิดพิษจากโปรตีนชนิดใหม่ที่พืชสร้างขึ้น

   - การดื้อต่อยาปฏิชีวนะ เนื่องจากขั้นตอนการสร้างพืชดัดแปรพันธุกรรม ต้องตัดต่อยีนสร้างสารต้านทานยาปฏิชีวนะ ซึ่งเป็นตัวช่วยตรวจคัดเลือกยีนที่ต้องการ ถ้ามีการถ่ายทอดยีนต้านยาปฏิชีวนะเข้าสู่จุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคและคนได้รับจุลินทรีย์ดังกล่าว อาจทำให้รักษาโรคนั้นได้ยาก

   - คุณค่าทางโภชนาการลดลง
อย่างไรก็ตาม ในปัจจุบันยังไม่ปรากฏข้อมูลความผิดปกติหรืออันครายของการบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรมต่อผู้บริโภค